一九四九年，就在中國國民黨蔣介石政權即將在中國內戰完全潰敗、逃來台灣之際，陳誠受命壓制學生運動，曾經炮製了一樁對學生進行大逮捕的「四六事件」。
這起事件不但是台灣學生運動史上的重大事件，更是校園全面進入白色恐怖的濫觴，軍訓教官公然進入校園，情治人員滲透學校環境，師生言論受到官檢嵌陷，學生自主性活動沈寂。
「四六事件」發生在一九四九年的四月五日、六日兩天，涉及台大、省立師範學院兩個學校，被逮捕的學生多達二百多位，最後遭起訴的學生十九位，不過，在後來的幾年中，未被起訴的部份學生仍陸陸續續遭到以各種罪名的「二度逮捕」（如「學生工作委員會」案，至少有五十人遭逮捕，或判刑或槍殺）。
該事件肇因於一九四九年三月下旬，所發生的一連串罷課遊行示威事件。當年的時空背景是：二戰後，蔣政權劫收台灣，造成台灣民生困頓，不但惡性通貨膨脹，蔣政權為了應付中國内戰，對台灣經濟大規模搜刮，而且二二八事變之後的極權統治腐敗到了極點，生靈塗炭，民憤達於沸點。
三月十九日晚上，台大和師院兩名學生，共乘一輛腳踏車從士林回學校宿舍時，被第四分局（現在的大安分局）的警員看見，上前取締時，警察動手毆打學生。於是，學生的怒火被點燃了。
兩名學生分別返回學校後，兩個學校的住校生大約四、五百人即集體包圍第四分局，要求分局長出面解釋，當時，由督察長冒稱是分局長出面處理，引起學生不滿。他們在宿舍前面的廣場舉行營火會，不但督察長被扣留了一個晚上，更引發了隔天的罷課示威。
三月二十日一大早，兩千多名台大和師院的學生，舉著以「結束內戰、和平救國」、「爭取生存權」、「反飢餓、反迫害」等訴求的標語、喊口號、唱前進歌曲地走上台北街頭，然後包圍台北市警察總局，要求局長出面為前一天晚上發生的警察打學生事件道歉。警察總局向學生承諾一定會作合理的交代，示威隊伍才轉回學校。
時任台灣省主席兼台灣警備總司令的陳誠正在中國，因為中國國民黨在中國的戰局敗象畢露，當時的該黨總裁蔣介石（他雖於 1949 年 1 月 21 日自總統職位引退，但仍以中國國民黨總裁身分控制政局）特別召見他，交代他要整肅台灣以備撤退。
陳誠在三月二十五日返回台灣，第四天，他下令清查主謀份子，要對「三二○事件」的學生開刀，並開出一份黑名單準備抓人。
四月五日晚上，警備總部奉命採取行動，台大、師院兩校第一批被列入黑名單祕密逮捕的共有二十八人（台大二十一人，師範學院七人）。師院的學生自治會幹部當夜召開緊急會議，台大也有幾位幹部趕來參加，師院剛選出的學生自治會主席數學系二年級學生周慎源說明了整個被捕過程，群情激憤，決定強力抗爭，不但不讓特務繼續逮捕學生，而且兩校決定隔天聯合舉行擴大罷課示威遊行。
然而，陳誠已經做好了充分的準備，五日晚上，數千名憲警和軍隊立即包圍了師範學院。學生知道被包圍後，就佔據宿舍二樓，並在樓梯設置障礙，與軍警形成對峙。
雙方僵持了一晚上，四月六日凌晨，當時的警總副總司令彭孟緝和保安處處長林秀樂親自督軍指揮，下令不惜衝突進行強制逮捕行動，結果，約有二百人被捕。陳誠也在當天下令關閉師院，校門駐有憲兵、守衛，不許閒人入內，宿舍周圍也架有鐵絲網，要求校方進行「學風整頓」。
當時師院是由謝東閔代理院長，隔天就奉命成立了『學風整頓委員會』。台灣省教育廳也發表書面聲明，強調重整台灣優良學風。
八日，被捕學生中，有一百多人由家長具結領回，有十九名移送法辦，從十二日起進行初審，後來，有幾名首謀者被槍決，其餘則判徒刑。一位台大當事人在一九九七年現身記者會，提到他被審訊的情形說，他被關進一間五、六個人住的營房，連上廁所褲子脫了蹲下來，那些阿兵哥也用槍對著他，廁所門不能關，廿四小時盯著他，經幾番審訊，大約一星期後才獲得保釋。
事情結束之後，陳誠曾分別邀請台大和師院的教授，宣布嚴厲展開整頓學風的決定，隨後，謝東閔就辭掉了師院代職務，由劉真接任。台大學生於十一日回復上課，但師院較遲，回復上課之前學生卻須重新辦理登記，才能再取得合格的學籍，這項登記從十三日開始，一直到二十九日，師範學院才正式復課，但仍陸續有三十五名學生被以各種理由開除學籍。
這次事件沈冤了將近五十年，才在一九九六年台大、師大的校務會議分別決議成立『四六事件資料蒐集小組』，然而，展開資料蒐集工作時，竟發現警總及相關機關的資料都已銷毀，因此，兩校費盡功夫才在一九九七年先後作出《台大「四六」事件考察——四六事件資料蒐集小組總結報告》及《師大「四六事件」研究報告》，並展開平反行動。
蔣介石和陳誠都受驚於在中國蜂擁的學潮，因此，當年據傳有一批外省來台學生為主的分子，是共產黨滲透台灣的校園匪諜，專責在台灣搞學運反政府，才會如驚弓之鳥般派特務及憲警進入謝員抓人。
雖然根據逮捕名單的籍貫屬別有百分之九十是外省籍，不過，台大「四六事件」的總結報告指出，學生的行為可說是基於一種社會正義的訴求，充分顯示了學生對台灣當時困境的改革聲音，與他們是否遭到共產黨滲透並沒有關係，卻因處於國共內戰下，才被國民政府以「泛政治化」手段處理。
其實，一九四九年，中國國民黨政權已經開始撤退來台，在驚魂未定的極權統治之下，絕不容許有異議性活動存在，所以，一場大規模的鎭壓行動展開，台大、師院的學運菁英份子只是首當其衝而已，「四六事件」事實上也開啓了五〇年代的白色恐怖。
一九四九年五月二十日，中國國民黨政權宣布實施「戒嚴令」，在「動員戡亂臨時條 款」及「台灣省戒嚴令」的授權下，蔣家極權統治在長達38年的「動員戡亂」及「戒 嚴」時期，陸續制定了數百種的法律、命令及規則，其範圍涵蓋了每一個人日常生活的各層面。
當時，同一時間還有非學生被逮捕：新生報編輯史習枚、成功日報記者董佩璜、台中市新聞記者公會理事長鍾平山、名作家楊逵。這種藉機逮捕後，再另案處理的案件，在蔣介石極權統治時期不勝枚舉。
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